בהתייחסו לחששות של קהילת הקוד הפתוח, אישר מנכ"ל מיקרוסופט, סטיב באלמר, ביום ה' האחרון שעל פי תפיסתו יש במערכת ההפעלה לינוקס משום הפרת זכויות של מיקרוסופט בנכסים רוחניים. בתום הנאום המרכזי שנשא באלמר בוועידה שערך איגוד המשתמשים של SQL Server בסיאטל, אמר באלמר שמיקרוסופט חתמה על ההסכם עם נובל, מפיצת SUSE Linux, בתחילת החודש, משום שבלינוקס "נעשה שימוש בקניין הרוחני של מיקרוסופט, וביקשנו להשיג תמורה הולמת לבעלי המניות שלנו".

נראה שמיקרוסופט מייחסת חשיבות רבה לסעיף בהסכם על פיו הסכימה נובל לשלם לה 40 מיליון דולרים תמורת התחייבותה של מיקרוסופט שלא לתבוע את משתמשי SUSE Linux על הפרה של זכויות יוצרים. כן התחייבה מיקרוסופט שלא לתבוע את מפתחי הקוד הפתוח שתרמו להפצה של SUSE Linux, ואפילו את המפתחים שקיבלו שכר על פיתוח קוד עבור הפצה זו.

רבים מחסידי הקוד הפתוח מתחו ביקורת על ההסכם, וטענו שיש בו משום הודאה בהפרה של זכויות יוצרים על ידי אחת מהחברות החשובות בעולם הלינוקס. לתפיסתם, מיקרוסופט עשויה להשתמש בהודאה לכאורה של נובל כדי לחזק את טיעוניה, במקרה של תביעה עתידית על הפרת זכויות בפטנטים.

עד כה נמנעו בכירי מיקרוסופט, ובהם באלמר, מלהבהיר אם לתפיסתם יש בגרעין לינוקס, לו תרמו מפתחים מרחבי העולם, משום הפרת זכויות בפטנטים של מיקרוסופט. ההתבטאות של באלמר ביום ה' האחרון הייתה ההתייחסות המפורשת ביותר לנושא עד כה: "נובל שילמה לנו סכום מסוים של כסף תמורת הזכות להבטיח ללקוחותיה שמשתמשי SUSE Linux מוגנים מפני תביעות. הבטחה כזו היא בעלת משמעות רבה, משום שלתפיסתנו, במאזן הכולל, חייבים לנו כל לקוחות לינוקס סכום כלשהו".

"לדעתי, דבריו של באלמר נועדו בעיקר לזרוע חששות, ספיקות וחוסר וודאות", אמרה פאמלה ג'ונס, העורכת של בלוג Groklaw.net, אשר עוקבת אחר ההיבטים המשפטיים של השימוש בקוד פתוח. "אם באלמר חושב שיש ממש בטענותיו, שיתבע - ונראה כיצד יגיבו לקוחותיו".

גם מנהלי רד-האט, המפיצה המובילה של לינוקס, דחו את טענותיו של באלמר. "איננו סבורים שיש סיבה ממשית למערכת היחסים המשתקפת בהסכם בין נובל למיקרוסופט" אמר מארק וובינק, סגן היועץ המשפטי של החברה. רד-האט רואה באיומים של מיקרוסופט בתביעה משפטית את "מחיר החדשנות", ומאמינה שהיא מסוגלת להגן על לקוחותיה מפני תביעות על הפרת זכויות בפטנטים.

ג'ונס הוסיפה שבעקבות חתימת ההסכם "ציינה נובל באתר האינטרנט שלה שההסכם אינו מעיד על הפרה כלשהי של זכויות בפטנטים, אז למי להאמין עכשיו"? ג'ונס קוראת לבאלמר להצביע במדויק על החלקים בקוד שלכאורה יש בהם משום הפרת זכויות בפטנטים של מיקרוסופט, על מנת שניתן יהיה להסיר אותם, או להוכיח שהטענות אינן מבוססות.