בעקבות המלצות הוועדה הציבורית לרפורמה במס הכנסה, בוטלו בשנת 2003 רוב הפטורים שחלו על רווחי הון במכירת מניות בבורסה בתל אביב ועל סוגי ריבית, ואולם בהסדרי המיסוי שנקבעו קיימים הבדלים בשיעורי המס החלים על סוגי הכנסה שונים. לדוגמה, בעוד שעל הכנסתו של יחיד מדיבידנד ועל רווח הון ריאלי במכירת מניות שאינן נסחרות בבורסה חל מס בשיעור של 25%, על רווח הון ריאלי במכירת נייר ערך הנסחר בבורסה חל מס בשיעור של 15%. החוק מתקן את חלק ה' לפקודת מס הכנסה [נוסח חדש], התשכ"א-1961 (להלן – הפקודה) (סעיפים 88 עד 101) וקובע, ככלל, מס בשיעור מקסימלי של 20% על רווח הון ריאלי בידי יחיד. המס על רווח הון ריאלי בידי חברה יהיה, החל משנת 2010, בשיעור מס החברות (25%). המס על יחיד שמכר איגרת חוב, נייר ערך מסחרי, מילווה או הלוואה שאינם צמודים למדד רווח הון ממכירת איגרת חוב, נייר ערך מסחרי, מילווה או הלוואה שאינם צמודים למדד, יחויב במס בשיעור שלא יעלה על 15%, ואולם אם הוא בעל מניות מהותי, הוא יחויב במס בשיעור שלא יעלה על 20%, ויראו את כל רווח ההון כרווח הון ריאלי. למרות האמור לעיל, רווח הון ריאלי כאמור בסעיף 121 לפקודה, במכירת נייר ערך בחבר בני אדם שבו המוכר הוא יחיד שהוא בעל מניות מהותי במועד מכירתו של נייר הערך או במועד כלשהו ב-12 החודשים שקדמו למכירה, יחויב במס בשיעור שלא יעלה על 25%. הוראות לענין נכס שנרכש לפני יום 1.1.2003 בסעיף 91(ב1) לפקודה נקבעו הוראות מעבר לגבי נכס שנרכש לפני יום 1.1.2003. החוק מתאים הוראות אלה באופן ששיעורי המס שחלו ימשיכו לחול לגבי חלק רווח ההון עד אותו יום ושיעורי המס החדשים יחולו החל מאותו יום. ייחוס רווח ההון לתקופה שעד למועד הקובע ולתקופה שלאחר המועד הקובע ייעשה בהתאם ליחס שבין התקופות האמורות. קיזוז הפסד הון ממכירת נייר ערך סעיף 92 לפקודה עוסק בקיזוז הפסד הון. בעקבות הביטול של הוראות חלק ה3 לפקודה, הקובע שיעורי מס מופחתים על רווח הון במכירת ניירות הנסחרים בבורסה, הוספו הוראות לענין קיזוז הפסד מניירות ערך. החל בשנת המס 2006, ניתן יהיה לקזז הפסד הון ממכירת נייר ערך גם כנגד דיבידנד או ריבית, שהתקבלו בשל אותו נייר ערך או בשל ניירות ערך אחרים, אם שיעור המס החל עליהם אינו עולה על 25%. הוראות אלה לא יחולו על הפסדים מועברים משנים קודמות. כמו כן, הוצאות בשל ניירות ערך שלא נוכו בשנת המס, יחשבו לענין סעיף 92 לפקודה, כהפסד הון מניירות ערך. עוד נקבע, לענין סדר הקיזוז של הפסדי הון, כי הפסד הון מועבר ממכירת נכס מחוץ לישראל יקוזז תחילה כנגד רווח הון ממכירת נכס מחוץ לישראל. בנוסף, נקבעו בחוק הוראות מעבר ותחולה מפורטת לענין התיקון שבוצע בסעיף 92 לפקודה. מיסוי רווח הון בעת פירוק חבר בני אדם סעיף 93 לפקודה עוסק במיסוי רווח הון בעת פירוק חבר בני אדם וקובע כי במהלך הפירוק רואים את מניותיו של בעל מניות כאילו נמכרו ואת הנכסים שקיבל מהמפרק כתמורה בעד מניותיו. בשל השוני בשיעורי המס שהיו נהוגים בעבר על רווחי הון בין שיעור המס השולי שחל על בעל מניות, לבין השיעור שחל על החברה - מס החברות, נקבע מנגנון שלפיו יינתן לבעל המניות זיכוי בגובה המס ששילמה החברה. לאחר הרפורמה במס והפחתת שיעור המס על רווח ההון הריאלי ל-25% נוצר הבדל בחבות המס של בעל מניות בחבר בני אדם בעת פירוק לבין חבות המס שלו בחלוקת דיבידנד. כדי למנוע את ההבדל האמור, בוטל הזיכוי לפי סעיף 93 לפקודה בשל המס ששילמה החברה במכירת הנכסים אגב פירוק. כמו כן נקבע כי אין להוסיף את המס האמור לתמורה שקיבל בעל המניות בפירוק. במועד העברת נכס מהמפרק לבעל המניות, ינוכה המס החל בשל הכנסה שהיתה לבעל המניות, בשיעורי המס החלים על רווח הון. מכירת מניה – רווחים ראויים לחלוקה סעיף 94ב לפקודה קובע כי במכירת מניה, חלק רווח ההון בגובה הרווחים הראויים לחלוקה יחויב במס בשיעור החל על דיבידנד. הוראה זו נועדה למנוע פער בין המס החל בחלוקת דיבידנד לפני מכירת המניה לבין המס החל במכירת מניה כשלא חולק דיבידנד קודם למכירה. החל מיום 1.1.2003, שיעור המס החל על דיבידנד בידי יחיד ושיעור המס החל על רווח הון בידיו הוא זהה. לפיכך, נקבע כי הסעיף יחול לגבי יחיד, אם יום הרכישה של המניות היה לפני 1.1.2003 ולגבי חבר בני אדם. סעיף 94ב(א) לפקודה קובע כי הוראות הסעיף יחולו במכירת מניות של חברה שמניותיה אינן רשומות למסחר בבורסה. בחוק נקבע כי הוראות אלה יחולו, בשינויים המחויבים, גם במכירת מניות הנסחרות בבורסה על ידי בעל מניות מהותי בחברה. עוד נקבע בחוק כי יראו כרווחים ראויים לחלוקה רווחים שנצמחו עד תום הליכי הפירוק, במקום עד יום התחלת הפירוק. הוראה זו נדרשת לאור תיקון סעיף 93 לפקודה, שלפיו לא יהיה עוד הבדל בין מכירת מניות לפני פירוק חבר בני אדם לבין מכירתן אגב פירוק. הפיכת מניות פרטיות למניות בבורסה סעיף 101 לפקודה קובע אירוע מס רעיוני, לפיו רישום מניות למסחר בבורסה נחשב כמכירתן. עם האחדת שיעורי המס החלים במכירת ניירות ערך נסחרים ובמכירת ניירות ערך שאינם נסחרים, אין עוד צורך בהוראה זו, ולפיכך נקבע בחוק כי היא תחול רק לגבי רישום מניות למסחר בבורסה לפני שנת המס 2006. בהוראות מעבר לענין תיקון סעיף 101 לפקודה וביטול חלק ה3 לפקודה, נקבע כי יחולו הוראות אלה: 1. במהלך חודש דצמבר 2005 רשאי נישום למכור נייר ערך הנסחר בבורסה, וכן יחידה בקרן נאמנות פטורה או בקרן נאמנות מעורבת, ולרכוש את אותם מחדש, באמצעות חבר בורסה, באותו אופן שבו מתבצעות עסקאות מחוץ לבורסה, והכל באותה כמות, באותו יום ולפי מחיר תום יום המסחר לנייר ערך או ליחידה ובלבד שמכר את כל ניירות הערך שהיו לו מאותו סוג או את כל היחידות שהיו לו באותה קרן נאמנות; מכר ורכש כאמור, יראו את יום ביצוע הפעולות האמורות כיום רכישה חדש של נייר הערך או של היחידה, לפי הענין, ומחירם המקורי החדש יהיה מחיר תום יום מסחר לנייר ערך או ליחידה; 2. המחיר המקורי ויום הרכישה של נייר ערך שיום רכישתו קדם ליום 1.1.2006 ייקבעו כפי שהיו נקבעים אילו נמכר נייר הערך ביום האחרון של שנת המס 2005. 3. במכירת נייר ערך שהיה לפני יום 1.1.2006 נייר ערך זר כהגדרתו בסעיף 105יג(ד) לפקודה לפני תיקונו, ושיום רכישתו עד תום שנת המס 2005, יחולו הוראות אלה: א. לגבי יחיד שהחזיק בנייר הערך או בזכות לרכישתו קודם לרישומו למסחר בבורסה או בשוק מוסדר, יחולו הוראות שנקבעו לפי סעיף 105יג(ד)(2) לפקודה. ב. חלק רווח ההון הריאלי עד יום המעבר, יחויב במס בשיעור של 35%, ויתרת רווח ההון תחויב במס בשיעור הקבוע בסעיף 91(ב)(1) או (2) לפקודה, לפי הענין ולא יחולו הוראות סעיף 91(ב1) לפקודה. הקצאת מניות לעובדים סעיף 102 לפקודה קובע את המס החל על הקצאת מניות של חברה לעובדיה. כאשר מניות בחברה מעבידה המוקצות לעובדים באמצעות נאמן, תקופות ההחזקה המינימליות בידי הנאמן הן 12 חודשים במסלול הכנסת עבודה ו-24 חודשים במסלול רווח הון. תקופות אלה מתחילות מתום שנת המס שבה הוקצו המניות. הוראה זו עשויה להביא לשחרור של מניות רבות הנסחרות בבורסה בתחילת חודש ינואר. לאור זאת, נקבע בחוק כי התקופות האמורות יתחילו מהיום שבו הוקצו המניות. הוראות אלה יחולו על הקצאת מניות שהיתה ביום 1.1.2006 ואילך. כמו כן, לגבי הקצאת מניות שנעשתה לפני יום 1.1.2006 במסלול רווח הון, תקופות ההחזקה הנדרשות להחזקה על ידי נאמן תוקנה ל-30 חודשים ממועד הקצאת המניות ו/או 24 חודשים מתום שנת המס, לפי בחירתו. שיעור המס החל על פדיון מניות סעיף 3(ג) לפקודה קובע את שיעור המס החל בפדיון מניות. החוק התאים את הסעיף לשיעורי המס החדשים. פטור ממס על רווח הון לתושב חוץ בחוק נקבעה הוראת שעה, לפיה תושב חוץ של מדינה גומלת, דהיינו תושב של מדינה שבינה לבין מדינת ישראל קיימת אמנה למניעת כפל מס, שרכש נייר ערך של חברה תושבת ישראל בתקופה שבין יום 1.7.2005 לבין יום 31.12.2008, יהיה פטור ממס על רווח הון במכירתו, בתנאים הקבועים בהוראת השעה. ההוראה תואמת את המגמה הגורסת מתן זכות מיסוי בלעדית למדינת התושבות של מוכר הנכס. קיזוז הפסד כנגד רווח הון שהוא סכום אינפלציוני סעיף 28 לפקודה מאפשר לנישום לקזז הפסד שהיה לו בעסק או במשלח יד כנגד סך כל הכנסתו החייבת ממקורות אחרים באותה שנת מס. הפסד שלא ניתן לקזזו בשנת מס מסוימת, ניתן להעבירו לשנות המס הבאות, בזו אחר זו, ובלבד שאם ניתן לקזז את ההפסד באחת מהשנים, לא יותר לקזזו בשנה שלאחריה. סעיף 28(ג) לפקודה קובע כי למרות האמור, אם ביקש זאת הנישום, לא יקוזז הפסד לפי סעיף זה כנגד רווח הון שהוא סכום אינפלציוני, כנגד רווח הון שחל עליו שיעור מס מיוחד לפי חלק ה3 לפקודה וכנגד ריבית שחל עליה שיעור מס מוגבל, אם שיעור המס החל עליהם אינו עולה על 15%. בעקבות ביטול חלק ה3 לפקודה והעלאת שיעור המס מ-15% ל-20%, תוקן סעיף 28(ג) לפקודה, כך שאם ביקש זאת הנישום, לא יקוזז הפסד כנגד ריווח הון שהוא סכום אינפלציוני או כנגד רווח הון, ריבית או דיבידנד, אם שיעור המס החל עליהם אינו עולה על 20%.