רשות המסים בישראל פרסמה ביום 2.11.2010 הבהרה לעניין תיקון 175 לפקודה דלקמן:

סטודנטים וחוקרים הלומדים או מבצעים מחקרים במוסדות אקדמיים ו/או מחקריים נהנים לעיתים מקבלת כספים (באופן ישיר או בדרך של הפחתת שכר לימוד וכו') מהמוסד האקדמי או המחקרי.

ככלל ניתן לחלק את המלגות לשלוש קבוצות:

א. מלגות הצטיינות/מצב סוציו אקונומי: מלגות הניתנות כתשלום כספי ישיר או באמצעות השתתפות בשכר לימוד, הפחתת שכר לימוד וכו', זאת בגין השגת הישגים אקדמיים או מחקריים גבוהים גרידא או בגין ביצוע פעילות התנדבותית (כגון חונכות ילדים ממשפחות קשיי יום, עזרה לקשישים וכיוצ"ב). וכן מלגות הניתנות לסטודנטים המצויים במצב סוציו אקונומי אשר מקשה עליהם את תשלומי שכר הלימוד. לגבי המלגות מסוג זה מוסכם על רשות המסים כי הן אינן באות בבסיס המס שכן מלגות אלו ניתנו כהוקרה מבלי שישנה התחייבות של המקבל ליתן תמורה או שירות בהווה או בעתיד.

ב. מלגות בגין מתן שירות: מלגות הניתנות לסטודנטים או חוקרים בתמורה למתן שירות בדמות של: הוראה במוסד האקדמי / המחקרי או מטעמו, תרגול במוסד האקדמי/המחקרי או מטעמו, וכו'. לגבי המלגות מסוג זה קיימת הסכמה (אשר התקבלה גם על דעת מרבית המוסדות האקדמיים והמחקריים) כי מקום בו המלגה ניתנת בתמורה למתן שירות למוסד האקדמי/מחקרי או למי מטעמם, בצורה של שירותי הוראה, תרגול, בדיקת מבחנים ועבודות וכו'. במקרים אלו התשלומים שנרשמו כמלגות מוסו כשכר עבודה לכל דבר ועניין.

ג. מלגות קיום: מלגות הניתנות לסטודנטים (בעיקר בתארים השני והשלישי) ולחוקרים, זאת לשם כלכלתם וקיומם בתקופת הלימודים או ביצוע המחקר, זאת על מנת שיוכלו להתפנות ולהפנות את מלוא מרצם, זמנם ומשאבים ללימוד או למחקר האקדמי. במקרים אילו הייתה מחלוקת האם יש מקום למסות מלגות כאמור, כשכר שכן יש לראות בביצוע המחקר כתמורה הניתנת ע"י הסטודנט/החוקר למוסד האקדמי/המחקרי עבור המחקר אותו הוא מבצע, בדומה לתשלום או תגמול אחר הניתן לחוקר המבצע מחקר במוסד שאינו מוסד אקדמי או מוסד מחקרי.

ביום 3.3.10 התפרסם תיקון 175 לפקודת מס הכנסה ותיקון מס' 38 לחוק מס ערך מוסף, התשל"ו-1975. מטרת התיקון הייתה להסדיר את נושא מיסוי מלגות הקיום והוא העניק פטור ממס הכנסה לסטודנטים וחוקרים בגין קבלת מלגה בתקופת הלימודים או בתקופת המחקר.

כמו כן נקבע בתיקון עקיף לחוק מע"מ כי מלגה כאמור לא תיחשב כשכר ולפיכך לא ישולם בגינה ע"י המוסד המשלם מס שכר.

בהתאם לתיקון נקבע כי:

● מלגה אשר ניתנה לסטודנט בתקופת לימודיו במוסד להשכלה גבוהה תהיה פטורה ממס, זאת ללא הגבלת סכום.

● מלגה שניתנה לחוקר במהלך לימודיו במכון מחקר תהיה פטורה ממס עד לסך של 90,000 ש"ח לשנה.

במסגרת תיקון 175 לפקודת מס הכנסה [נוסח חדש] הושמטה בלי משים ההבחנה כי "מלגה" פטורה בהתאם לסעיף הינה אך ורק מלגה אשר משולמת לסטודנט/חוקר ע"י המוסד האקדמי או המחקרי במישרין או בעקיפין.

בהצעת חוק המדיניות הכלכלית לשנים 2011 ו-2012 (תיקוני חקיקה), התש"ע-2010 מופיע בפרק במסים תיקון, כך שיובהר כי משלם המלגה הינו המוסד האקדמי או המחקרי.

מטרת ההבהרה הינה למנוע שימוש לרעה בפטור שניתן וכדי למנוע הרחבתו גם לגבי תשלומים המשולמים על ידי גופים אחרים חלף שכר.

יודגש כי לשינוי המוצע אין כל השפעה על מלגות הצטיינות או מלגות בשל מצב סוציו אקונומי הניתנות בגין השגת הישגים אקדמיים או מחקריים גבוהים גרידא או בגין ביצוע פעילות התנדבותית (כגון חונכות ילדים ממשפחות קשיי יום, עזרה לקשישים וכיוצ"ב). וכן מלגות הניתנות לסטודנטים המצויים במצב סוציו אקונומי אשר מקשה עליהם את תשלומי שכר הלימוד, אשר כאמור אינן חייבות במס.