ביקורת ניהול ספרים היא בדיקה שעורכת רשות המסים בישראל אצל עסקים, במטרה לוודא כי הם מנהלים את מערכת החשבונות והרישומים החשבונאיים שלהם בהתאם להוראות ניהול ספרים הקבועות בחוק. הביקורת עשויה להתבצע ללא הודעה מוקדמת, וכוללת בדיקת קבלות, חשבוניות, ספרי הנהלת
חשבונות ומסמכים נוספים המעידים על פעילות העסק.
עסק שנמצא מנהל את ספריו בסטייה מהותית מהוראות ניהול הפנקסים עלול לספוג פסילת ספרים, סנקציה המשפיעה על יכולתו לנכות הוצאות והוצאות מס תשומה, ועלולה לגרור גם קנסות כספיים משמעותיים. במקרים חמורים יותר,
ליקויים בניהול ספרים עלולים להוביל לפתיחת הליך פלילי כנגד בעל העסק.
בעלי עסקים קטנים ובינוניים בישראל נדרשים להכיר את דרישות ניהול הפנקסים הרלוונטיות לענף פעילותם, שכן הדרישות משתנות בהתאם לסוג העסק ולמחזור הכספי שלו. יועצי מס ורואי חשבון
ממלאים תפקיד מרכזי בסיוע לעסקים לעמוד בדרישות אלו ולהיערך כראוי לקראת ביקורות אפשריות. שמירה קפדנית על מסמכי מקור, הנפקת קבלות וחשבוניות כדין ותיעוד שוטף של הכנסות והוצאות נחשבים לאמצעים המרכזיים להימנעות מליקויים שעלולים להתגלות בביקורת ניהול
ספרים.
ליקויים שמתגלים בביקורת עלולים להוביל לפסילת ספרים, לשומה לפי מיטב השפיטה ולחקירה בגין העלמת מס, ולכן מדובר בסיכון תפעולי ממשי עבור עסקים
קטנים שאינם מנהלים רישום מסודר.
המבצע, שנערך בגבעתיים, הרצליה ורעננה, העלה כי כמחצית מהעסיקים הנבדקים ביצעו ליקויים משמעותיים, , כמו אי-רישום הכנסות או אי-ניהול ספרים כחוק. כך לדוגמה, במספרה ברעננה נמצא כי בעל המספרה לא רשם בספרים הכנסות בסכום כולל של 6,980 שקל ב-2025, 3,485 שקל ב-2024
ו-75 שקל ב-2023. בעל העסק טען בתגובה כי, "אני לא מקבל ביטים, זה טיפים שאשתי מקבלת"