משה בן זקן מונה למנכ"ל משרד התחבורה, תפקיד שמרכז את ניהול תקציבי התשתיות, את הפיקוח על מפעילי התחבורה הציבורית ואת קידום פרויקטי הרכבת והמטרו. בתקופתו עלו לדיון סוגיות כמו העלאת תעריפי הנסיעה,
מחסור מתמשך בנהגי אוטובוס שפוגע ברמת השירות, היערכות מערכת התחבורה לרעידת אדמה ורגולציה על שירותי הסעה מבוססי אפליקציה. המשרד גם מקדם רגולציה בתחום הרכבים האוטונומיים. תפקיד המנכ"ל כולל מאבק מתמיד על תקציבים מול אגף התקציבים, משום שפרויקטי תשתית נמשכים שנים
וחוצים ממשלות. עבור הציבור ההשפעה ישירה: היא נמדדת בזמני נסיעה, במחיר הכרטיס ובזמינות תחבורה ציבורית באזורי הפריפריה.