בפסק דין שניתן על ידי בית הדין הארצי לעבודה, נקבע כי הנטל להוכחת קיומו של נוהג מוטל על כתפי הטוען לו. רמת ההוכחה חייבת להיות גבוהה וברורה ונדרשת לצורך כך תשתית ראייתית רחבה ומסודרת. עדות על מקרים מסוימים בלבד בהם נקט המעסיק דפוס פעולה מסויים, אינה מספקת כדי להוכיח קיומו של נוהג רחב ומחייב.
בית המשפט המחוזי קבע כי הכרעה בהליך פלילי, לפיה עוסק לא דיווח על חשבוניות נשוא עסקאות שערך, אינה חוסמת את מנהל מע"מ מלטעון, במסגרת הליך אזרחי כנגד עוסק אחר, כי אותן חשבוניות אינן משקפות עסקאות אמת לצורך ניכוי מס תשומות.
