נתן אלנתן כיהן כיושב ראש מטה התכנון הלאומי, תפקיד שמציב אותו בראש ועדות התכנון הארציות ובהן המועצה הארצית לתכנון ולבנייה, הוועדה למתחמים מועדפים לדיור והוועדה לתשתיות לאומיות. בתפקיד זה הוא הוביל אישור תוכניות ענק להקמת שכונות חדשות ולהרחבת יישובים
בפריפריה ובמרכז, בהיקף של אלפי יחידות דיור בכל תוכנית. הוועדה למתחמים מועדפים לדיור נועדה לקצר את משך התכנון של פרויקטים גדולים, והיא שנויה במחלוקת בין מי שרואים בה כלי הכרחי להגדלת ההיצע לבין ארגונים סביבתיים ורשויות מקומיות שמתנגדים לעקיפת ההליך הרגיל. עבור
מי שעוקב אחר מחירי הדירות מדובר בגוף שמחליט היכן ייבנו הדירות של השנים הבאות, לצד רשות מקרקעי ישראל.
ותמ"ל), אישרה את התוכנית להקמת שכונת מגורים, שתיבנה בשטח מוניציפלי שהועבר בהסכמה בין הרשות המקומיות עמק המעיינות לבית שאן, ותכלול 19,000 מ"ר שטחי מסחר ותעסוקה
