אגף השיקום הוא היחידה במשרד הביטחון האחראית על הטיפול בנכי צה"ל ובמשפחות שכולות. האגף מכיר בזכאות של פצועי מערכות ישראל ופעולות איבה, קובע אחוזי נכות ומעניק תגמולים חודשיים, סיוע רפואי, מימון טיפולים נפשיים, הלוואות לדיור, הכשרה מקצועית, סיוע בהשכלה
גבוהה וסיוע ברכישת רכב מותאם. תקציבו נאמד במיליארדי שקלים בשנה והוא מהווה נתח משמעותי מתקציב הביטחון, כשמספר הזכאים גדל בעקבות מלחמות ואירועי לחימה ומגדיל את ההתחייבות התקציבית לשנים ארוכות קדימה. סוגיות בולטות בפעילותו הן משך ההמתנה לוועדות רפואיות,
היקף ההכרה בפגיעות נפשיות ורמת התגמולים ביחס ליוקר המחיה. הרפורמות בו נדונות בוועדות הכנסת ומשפיעות על הוצאות הביטחון ועל תקציב המדינה.
בית הדין האזורי לעבודה בירושלים דחה תביעות שהגישו שני מילואימניקים שנפצעו קשה בלחימה נגד הפניקס. הוא קבע כי קרן הפנסיה רשאית לקזז מקצבת הנכות שלהם את תשלומי הטיפול הרפואי שהם מקבלים ממשרד הביטחון. רשות שוק ההון, ביטוח וחיסכון הצטרפה לעמדה של הקרן בנושא
